ปนี้ใช้คีย์เฟรมและเลเยอร์ต่าง ๆ เป็นหลักก็ตาม แอปนี้จะไม่เหมือน Flash ตรงที่เมื่อใช้แอป Pencil2D คุณจะต้องวาดด้วยมือแต่ละเฟรมของอะนิเมชั่น
Pencil2D จะให้คุณสร้าง 4 เลเยอร์คือ บิตแม็พเลเยอร์ เวคเตอร์เลเยอร์ ซาวด์เลเยอร์ และวิดีโอเลเยอร์ ทุกอย่างที่กล่าวมานี้ต้องใช้องค์ประกอบที่เกี่ยวข้องเพื่อผลิตอะนิเมชั่นออกมา
แปนี้ในเวอร์ชั่นที่ใช้กับ Mac จะให้คุณส่งออกอะนิเมชั่นของคุณไปยังวิดีโอ ซึ่งเป็นสิ่งที่เวอร์ชั่นที่ใช้งานกับวินโดวส์ไม่สามารถทำได้